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Une des plus anciennes de la région !

La première mention connue de l'église d'Alaise remonte au XIème siècle.

L'obituaire de l'histoire du décanat de Gérard de Traves (1080-1100), nous apprend que l'église d'Alaise, sous le vocable de St Jean-Baptiste, fut donnée à l'abbaye Saint Paul de Besançon par un des sous-diacres de l'abbaye du nom d'Etienne, décédé en 1085 : « Stephanus… pro quo habenus altare de Alesia et altare de Myon… » (nécrologe de St Paul).

Au XIIème siècle, Gerland écolâtre et premier Eglise Actuelleprieur de St Paul (décédé en 1128),Clocher avant 1897 envoyait des colonies de chanoines dans les possessions de l'abbaye, dont Alaise, pour former de nouveaux centres de civilisation.

En 1139, une bulle du Pape Innocent II  confirmait l'appartenance de l'église à l'abbaye St Paul : « …ecclesiam de Mamirolis, ecclesiam de Muyncs, ecclesiam de Alesia… ».

En 1140, l'église d'Alaise  devient un prieuré rural. On cite deux personnages riches et puissants du pays, Hubalde et Josberte (Hubald et Jossebert) qui auraient été les fondateurs de ce prieuré, parents d'un des chanoines de St Paul prénommé Etienne.

En 1145, Humbert de Scey archevêque de Besançon, par une charte de Vicard, confirme le prieuré d'Alaise avec toutes ses possessions à l'abbaye St Paul.

En 1225 Fromond d'Alaise et ses fils se reconnaissent vassaux de l'abbaye, à qui l'abbaye cède la moitié du moulin d'Alaise établi sur le Lison. Les moines se réservant le droit de pêche.

En 1260, la conventualité cesse au prieuré qui devient une obédience. Le premier obédiencier nommé en 1261 est Guillaume de Montmartin.

En 1292, Jean de Chalon-Arlay est possesseur du prieuré, puis Jean I de Sauvigney (1263-1304) abbé de St Paul, échange le prieuré avec l'abbaye de Balerne, Baume les Moines (Baume les Messieurs). En 1300 le prieuré devient prieural et paroissial.

L'église actuelle d'Alaise, après avoir connu bien des aménagements, est dans son ensemble l'ancienne église prieurale : nef plafonnée, chœur voûté en berceau  au XIIIème. On constate qu'à l'origine, elle était éclairée par des fenêtres fort étroites qui ont été élargies. Que le clocher est une masse lourde quadrangulaire qui dépasse à peine de deux mètres le faîte de l'église, muni sur chaque face de deux petites fenêtres partagées par un pilastre rond.

On écrit en 1885 : « Ce clocher mérite d'être conservé comme un monument historique ». Mais en 1890, il menaçait de s'écrouler, la partie supérieure fut alors restaurée et reconstruite sous sa forme actuelle en 1897.

                       Ouverture style roman        Voute de montée au clocher